Program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI), merupakan salah satu program studi di lingkungan Fakultas Ilmu Keguruan dan Tarbiyah (FITK) IAIN Ambon yang baru dibuka Sesuai SK Dirjen Pendidikan Islam No. 5885 Tahun 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Sarjana IAIN Ambon, termasuk didalamnya izin penyelenggaranaan Program Studi S1 Manajemen Pendidikan Islam. pada tahun 2018 dibukalah dan mulai melaksanakan kegiatan penerimaan mahasiswa baru. Kepengurusan awal program studi dimulai  sejak tahun 2018. Pada periode Pertama ini, Program Studi Manajemen Pendidikan Islam FITK IAIN Ambon dipimpin oleh Nurlaila Wattiheluw, M.Pd sebagai Ketua Program Studi dan  Elfridawati Mai Dhuhani, M.Pd. sebagai Sekertaris Program Studi. Program studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) merupakan program studi yang menyiapkan pengelola dalam mengembangkan, meningkatkan dan memperbaiki mutu pendidikan ke arah yang lebih baik.