Sejarah berdirinya Program Studi Pendidikan Biologi di STAIN Ambon diawali adanya konflik Maluku pada tahun 1999. Pada saat itu para tokoh masyarakat dan beberapa para akademisi muslim yang ada di Universitas Pattimura dan beberapa akademisi yang ada di STAIN Ambon menggagas untuk mendirikan Jurusan Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika di STAIN karena mahasiswa muslim pada saat itu tidak bisa melakukan perkuliahan di UNPATTI karena kondisi keamanan, maka para tokoh masyarakat dan para akademisi antara lain Almarhum Ismail Titapele, M.Pd, Usman Thalib, M.Hum, Zainudin Notanubun, M.Pd, Samad Umarella, M.Pd, Jabar Abdul Jabar, M.Pd, Drs. Mohammad Attamimi, M.Ag, Ismail DP.,M.Pd, Drs. Arifin Toatubun, M.Ag

Menjadi program studi penyelenggara pendidikan biologi serta penghasil tenaga pendidik yang professional, kolaboratif, terintegrasi keislaman, keilmuan dan teknologi berbasis kemaritiman di Tahun 2025

1. Menyelenggarakan pendidikan secara professional, kolaboratif di bidang biologi dan Pendidikan Biologi dalam pengintegrasian keislaman, ilmu pengetahuan, teknologi berbasis kemaritiman.
2. Menyelenggarakan penelitian di bidang biologi dan pendidikan biologi dalam pengintegrasian keislaman, ilmu pengetahuan, dan teknologi berbasis kemaritiman
3. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat di bidang biologi dan pendidikan biologi secara professional, kolaboratif untuk pengembangan, pengintegrasian keislaman, ilmu pengetahuan, dan teknologi berbasis kemaritiman.
4. Menjalin kerja sama dengan berbagai lembaga baik perguruan tinggi maupun non perguruan tinggi di level lokal, nasional dan internasional.