Program Studi Pendidikan Profesi Guru (PPG) di Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) IAIN Ambon resmi dengan izin penyelenggaraan program studi berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Normor 1164 Tahun 2022. Keberadaan program ini tidak terlepas dari kebijakan nasional yang bertujuan meningkatkan kualitas dan profesionalisme guru di Indonesia dan pengembangan program PPG di lingkungan perguruan tinggi keagamaan Islam.