Program Studi S1 PGMI FITK IAIN Ambon merupakan pengembangan D2 PGSD/PGMI yang pernah diselenggrakan oleh IAIN Ambon pada beberapa tahun sebelumnya. Usulan penyelenggaraan program studi ini didasarkan atas kepentingan IAIN Ambon, masyarakat, dan bangsa.

Di Provinsi Maluku, belumbanyak perguruan tinggi atau LPTK yang mempunyai Program Studi S1 PGMI. Oleh karenaitu, keberadaan program studi ini akan menjadi mitra sinergis dengan program S1 PGSD yang telah lebih dahulu ada keberadaannya pada perguruan tinggi lokal di daerah,dalam hal mendukung pemenuhan struktur dan distribusi guru kelas pada jenjang pendidikan dasar.

Keunggulan keilmuan Program Studi S1 PGMI FITK IAIN Ambon dibandingkan dengan keilmuan program studi sejenis yang sudah ada pada perguruan tinggi lain, diantaranya adalah menyediakan calon guru kelas MI pada kementerian terkait yang memang dibutuhkan di provinsi dan kepulauan sekitarnya.

Menjadi Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah yang profesional dalam pengintegrasian keislaman, keilmuan, kebudayaan dan teknologi dalam bingkai multikultural sehingga unggul di kawasan timur Indonesia  tahun 2032

1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran dalam bidang pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah yang profesional dalam pengintegrasian keislaman, keilmuan, kebudayaan dan teknologi dalam bingkai multikultural sehingga unggul di kawasan timur Indonesia tahun 2032
2. Menyelenggarakan penelitian dalam bidang pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah  yang profesional dalam pengintegrasian keislaman, keilmuan, kebudayaan dan teknologi dalam bingkai multikultural sehingga unggul di kawasan timur Indonesia tahun 2032
3. Menyelenggarakan pengabdian masyarakat dalam bidang pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah  yang profesional dalam pengintegrasian keislaman, keilmuan, kebudayaan dan teknologi dalam bingkai multikultural sehingga unggul di kawasan timur Indonesia tahun 2032
4. Menyelenggarakan kerjasama dengan lembaga-lembaga lain dalam bidang pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah yang profesional dalam pengintegrasian keislaman, keilmuan, kebudayaan dan teknologi dalam bingkai multikultural sehingga unggul di kawasan timur Indonesia tahun 2032 pada level lokal, nasional dan internasional